Pengelolaan zakat sepenuhnya dilaksanakan oleh masyarakat melalui Badan Amil Zakat dan Lembaga Amil Zakat. Pemerintah tidak melaksanakan pengelolaan zakat, tetapi hanya berperan sebagai regulator, fasilitator, motivator dan koordinator.
Sebagai regulator pemerintah menyiapkan peraturan perundang-undangan dan pedoman teknis yang dapat dijadikan panduan oleh pengelola zakat.
Sebagai motivator pemerintah ikut melakukan sosialisasi dalam rangka meningkatkan kesadaran berzakat dikalangan masyarakat luas.
Sebagai fasilitator pemerintah berupaya memfasilitasi pengelola zakat agar dapat melaksanakan pengelolaan secara optimal, antara lain merekrut tenaga PNS untuk ditempatkan di BAZDA Provinsi dan Kabupaten/Kota di seluruh Indonesia.
Dan sebagai koordinator, pemerintah melakukan koordinasi dengan BAZ dan LAZ agar selalu terjadi kerjasama antar BAZ dan LAZ sehingga tercipta suatu sinergitas dalam pengelolaan zakat.
- Badan Amil Zakat (BAZ) adalah lembaga pengelolan zakat yang dibentuk oleh pemerintah, baik tingkat nasional maupun di tingkat daerah. Untuk tingkat nasional dibentuk BAZNAS, tingkat provinsi dibentuk BAZDA Propinsi, tingkat kabupaten/kota dibentuk BAZDA Kabupaten/Kota dan tingkat kecamatan dibentuk BAZDA Kecamatan. Organisasi BAZ di semua tingkatan bersifat koordinatif, konsultatif dan informatif.
- Lembaga Amil Zakat (LAZ) dibentuk atas prakarsa dan dikelola oleh masyarakat sendiri serta dikukuhkan oleh pemerintah, dilakukan pembinaan oleh pemerintah, sesuai amanat Undang-Undang Nomor 38 Tahun 1999 tentang Pengelolaan Zakat bahwa LAZ dikukuhkan dibina dan dilindungi oleh pemerintah.